原隆起之后，这些溪流在平原上不断地侵蚀、延伸，最后注入大海，一般积水面积较大，流路也较长，大都在70公里以上，曾文溪长达138公里，是台湾第四大河流。
除此之外，平原上还分布着一些小的溪流，如盐水溪、七股溪、将军溪等。它们是在海岸平原隆起之后形成的，流域面积只限于平原之上，流程短，流量小，主流、支流混乱不分，多为季节性河流。
两种不同的溪流，对台南平原的经济发展有着不同的作用。源于山区的河流，每到雨季，上游溪水暴涨，夹带大量的泥沙，滚滚冲出山口，流入平原，造成洪水泛滥。若再遇上强劲的台风，暴雨倾盆，危害就更加严重。但在每年的旱季（10月至翌年3月），降水量很少，河流的水位便大大下降，而那些源于平原上的短小溪流，此时早已断流干涸了。
不难看出，在台南平原上既要排泄洪水，还要储水发展灌溉，对农业的发展是不可缺少的措施。
因此，陈衷纪组织大量的民力，修建南北干渠和乌山头水库。
南北干渠主线北起浊水溪南岸云林县，向南穿过条条溪流，到台南附近的曾文溪与盐水溪之间。南北长达90公里，再加上支渠和分渠，总长千多公里，跨及云林县、嘉义县、台南县和台南市，形成了一个纵横交错的灌溉网，一旦完成，将成为东南府最大的灌区，为农业保驾护航。另一枢纽工程是曾文溪上游的乌山头水库，这个水库是截堵官田溪中游溪谷而成，因河叉繁多，形似珊瑚，所以又叫珊瑚潭。其最大库容近二亿立方米，是灌区主要的水源，一旦建成，台南地区的农田依赖这个水库供水灌溉，受益非浅。
这边大修水利，那边进行了有名的三三制，即三分之一的田地种植水稻，三分之一的田地种植甘蔗，最后三分之一的耕地种植杂粮。
这三种作物的需水量和所需要灌溉的时间各不相同。水稻需水量最大，主要集中在夏季；甘蔗需水时间虽长，却只在旱季灌溉就可以了；杂粮是不需要怎么灌溉的作
