水军在长崎港外展示自己强大的肌肉后，长州火枪队在中途被密令按兵不动，等待天皇的征伐指示。
而长崎港，在接连击溃了肥前藩以及邻近筑前、筑后等藩的援军后，局面暂时稳定了下来。
长崎军事禁令已经取消，成立了管理委员会，由鸟津小六任首席委员，同时组织了有三四十人的治安队，当然这些人不是没什么艹守的流浪武士就是闲散无赖，趁机敲诈商户祸害以前瞧不起自己的正经商人，屡禁不绝，在平远军枪决了一名歼银妇女的治安队浪人后，才令治安队恶霸般的行为收敛了一些。
当然，张有存的策略就是，只要不闹的太过份，睁一只眼闭一只眼就是，这些人为中国人做事，不就是为了闹些好处么只要不影响长崎的正常商业秩序，小打小闹的敲诈勒索倒也不必管他。
在长崎主要的街道路口，均有荷枪实弹的中国步枪兵把守，令这座桂花飘飘的美丽港口城镇平添了几分肃杀。而在各个街口，以及每天向各户居民散发的曰文传单中，宣传的是皇权下的“人人平等”，很是把曰本大名家臣武士制度狠狠批判了一番，又言道长崎将会实行自治，由居民们自己选举委员会首席委员，更阐述了一番自治律法，特别是将前不久枪毙治安队曰本浪人之事大肆宣传了一番，言道若遇到管理委员会和治安队违法行为，可直接向中部报告。
张有存拜读过摄政王下发外务部高级官员的内参资料殖民地管理，对于一些精髓把握的极为到位，归根结底就是倭人治倭，胡萝卜加大棒，淡化占领军色彩，歪曲主权论以民生论占领道义制高点等等，当然，不管是批判曰本武士制度亦或阐述自由选举之思想，都请了鸟津小六以及曰本人通译等参与，以曰本人能接受的方式进行，而且，也从没想过会起到什么大的效用，更大意义上，是为殖民地政斧披上合法化外衣而已。
就在中国人开始对长崎进行殖民教育的同时，幕府使团到了长崎，使团由三代中老内藤信亲率领，内藤信亲乃是幕府三朝重臣，地位仅次于井伊
