在旧金山一战中，损失亲友者不在少数，其中就包括帝王组织中的一位名为艾玛的女生物声学家。
艾玛的小儿子在这场灾难中丧生，导致她与丈夫马克离婚，并逐步“大彻大悟”。
艾玛认为这场灾难归根结底是自然的报复，人口过剩、污染以及战争造成了巨兽一次次前来打扰。
在艾玛看来，巨兽们的目的是恢复大自然平衡，巨兽所破坏的地方很快恢复了绿意生机，人类其实才是地球的病毒。
作为一名理想主义者，艾玛觉得她有必要做些什么来恢复大自然的平衡。
于是，艾玛便想出了释放更多巨兽，让人类“优胜劣汰”的绝佳主意。
在平息了丧子之痛之后，艾玛立刻带着女儿前往华国滇地，那里是魔斯拉沉睡之地。
艾玛的研究则是一款能够与巨兽沟通的奥卡声呐装置，这个装置同样能够用来唤醒巨兽。
徐多艺并不是不了解这一切，他更知道五年后艾玛的研究就会成功，艾玛也将去南极唤醒他研究二十余年无果的基多拉。
届时全球都会陷入混乱之中，艾玛也会意识到她的自然平衡计划有多离谱。
她只一厢情愿地认为只要死掉一些人，大自然就能恢复平衡，巨兽们也都会像哥斯拉一样各回各家。
殊不知基多拉可不似哥斯拉那般平和，毕竟它有王者之称，而且不是哥斯拉那种远古之王，在巨兽群中是很有统治力的。
所以基多拉苏醒之后，很快就会唤醒更多小弟，妄图再度统治地球。
能够阻止这一切当然是哥斯拉，也只有哥斯拉。
事实上，哥斯拉的单体战力是不及基多拉的，但是它身边还有刚刚破茧成蝶的怪兽女王魔斯拉。
在原片中，魔斯拉舍身为哥斯拉挡下了基多拉的致命重力射线，并将自身残余力量全部送给了哥斯拉。
在获得了魔斯拉的力量之后，哥斯拉终于显露出它的最强形态，红莲形态。
