而唐继尧和陆荣廷到了最后的一刻都只是说放弃部分地盘，但是依旧想要保持半独立性，比如唐继尧就表示他只要保住云南，可以放弃贵州和四川的那些地盘。
这样就导致陈敬云连和谈都懒得和谈了，准备直接收拾掉了事，而这样也可以威慑后来者，叛乱独立不是可以随便玩的，既然要玩就要有承担严重后果的心里准备。
十二月中旬，国民军第七师逼近昆明之际，昆明城内爆发大规模兵变，一群不愿意死战的滇军将领率兵攻克了新中华民国总理府邸，也就是唐继尧的官邸，抓获了唐继尧和其他一群滇军核心高层，孙文在得知兵变之后，在最后一刻和黄兴以及宋教仁等人登上了火车逃往法属越南，准备再一次流亡日本。
唐继尧没有和谢汝翼一样在被抓获后自杀，反而是顺从的被押送到了南京，随即被公开审判，最后以叛国罪被判枪毙，随同唐继尧一起被以叛国罪枪毙的还有新中华民国政府里的前军政要员二百余人，基本上除了那些主动投降的将领外，其他被抓到的都被枪毙，对于敌人陈敬云向来是不手软的，所以那些被判有罪的前护要员们基本就一个下场，那就是枪毙，没有任何人能享受到被关押的福利。
相对比唐继尧的悲惨，陆荣廷的运气要好很多，在贴身两千多人的保护下，他一路硬是在国民军第十一师的追击下走到了中越边境，并带着他的两千多教导团进入了越南，国民军迫于国际政治压力也没敢追进，只能眼睁睁的陆荣廷进入越南。陆荣廷进入越南后并没有和孙文等人一样流亡日本，而是竟然打算越南北部扎下根来，和前来围剿的法军干了好几仗，法国精力都在国内应对战争，在越南根本就没有多少兵力，所以在围剿不成功后，就是干脆睁一只眼闭一只眼先不管了，在越北扎下根来的陆荣廷一边招揽旧部，一边扩充实力，短时间内就把势力蔓延到了缅甸地区，并且为了养军还大种特种鸦片，很有着往毒枭的方向发展的势头
西南叛乱的平定，这对于刚成立没多久的中华共和国
