编成三团制部队。
除了编制外，临时政府还需要承担一部分的滇军和桂军的后勤补给，主要是弹药和其他军事物资方面，并且陈敬云还答应在三个月内给他们陆续提供相当数量的步枪，少量火炮。
这些相关谈判持续了整个六月，并且在陈敬云就职大元帅之前就已经确定了下来，所以陈敬云一就职大元帅后，立即下令整编南方各省军队，组建中央陆军。
原国民军按照原有四个军的编制以及各师旅番号，依次改编为中央陆军第一军、第二军、第三军、第四军。各师旅的番号也将前面的国民军三个字去掉，换成中央陆军，依次为中央陆军第一师、中央陆军第二师、中央陆军第三师中央陆军第十一师；中央陆军第一混成旅、中央陆军第二混成旅中央陆军第五混成旅，一共十一个师，五个混成旅。警卫师暂不列入中央陆军行列，而改为统帅部直属，正式番号为统帅部警卫师。
说起来也有意思，那就是这南方联军的正式番号是和北洋军的正式番号一样的，都是中央陆军第某某师，中央陆军第某某混成旅。不过正式番号如此，但是人们说的时候还是沿用北洋军，南边的称之为南方军。
陈敬云的嫡系部队国民军番号只是变动了几个字而已同样的桂军和滇军变动的也不大，给予桂军的番号是中央陆军第五军，陆荣廷自然是军长，原桂军的六个师虽然是仿效的北洋编制，但是不管人数还是火力都是严重不足的，一个师的人数不过七八千人。如此情况下，就给了第五军三个师的番号，分别是第十二师、第十三师、第十四师。至于陆荣廷自己怎么分配这三个师的番号那是他自己的事情。
陆荣廷也干脆，当即就是把三个人数和装备较好的三个师改编为中央陆军师，然后剩下三个师被抽调了部队人员和装备后缩编为三个混成旅，并向陈敬云要了三个混成旅的编制，陈敬云也不阻拦，直接批准了陆荣廷的的要求给了第六、第七、第八混成旅的编制。使得第五军拥有了三个师，三个混成旅的部队，总兵力高达四万
