中央政府同意任命陈敬云为东南宣抚使，统辖闽浙、福建两省军政事务。但是中央并给没有给出陈敬云对国民军所占领的广东东部地区和苏南地区的管辖权，名义上现在的广东都督依旧是陆荣廷、苏南也名义上归属江苏都督管理。
然后很重要的海军归属问题，中央同意海军问题暂时搁置，原属于第一舰队、第二舰队的各舰纳入福州舰队，并且将不久后归国的前清订购舰艇拨入福州舰队，但是后续款项以及中央政府前期用国债支付的造舰款由国民军支付。这一点可以说是袁世凯让了很大一步，这个退步并不是袁世凯所愿意的，但是面对海军众多将领的要求他不得不同意而已，海军将领们的意见很简单，那就是中国海军弱小，必须维持一支统一舰队才能面对未来的海上威胁。
袁世凯虽然想要争霸中国，击败国民军，但是想到现在北洋军既然已经不能够控制海军，手下不过剩下几艘小炮舰，而已经得到风声说那些前往接受军舰的海军军官已经开始接触福州舰队，就算自己不答应的话，那些归国的战舰怕也是要叛变到福州舰队那边去，索性就大方一些，承认事实了事。
“但愿这个陈敬云保存中国海军的种子吧”
这些利益交换很快就得到了双方的认同，虽然双方的密谈代表在上海签订合约，虽然双方相继发表通电，宣布战争的结束。
国民军第四师开始从扬州撤军，为了遵守驻军数量，国民军第四师撤往杭州、而第五师则是撤往宁波方向，只留下了三个师在苏南，分别是第二师在南京、第七师在镇江、第一师在上海。
北洋军也只在江北保持了第五师和第七师、第二旅撤往滁州、而第五旅则是撤回了徐州。
一时间，双方进行了差不多三个月的战争状态正式宣告结束，而巧的很，一月处黎元洪也是终于率领手下军队把湖北的革命党人的军队全部消灭，虽然黎元洪的实力大受损失，也总算是结束了湖北内战。这几个消息陆续传来，一时间国内各大报纸上都充斥和和平这个
