当然，作为新人的新手任务，我们的小管家刚一进入《超级机器人大战》位面，自然是不会去执行那种拯救宇宙，或者是毁灭地球文明一类的逆天任务的。
他与十七名新手玩家，是以“在战争中意外登上宇宙军舰的平民”身份，出现在一代名舰，“大天使号”上的。没错，他们所经历的剧情主线，正是高达seed中，剧情刚开始的那一段时间。
在人工卫星生活的调整者“coordinator”（基因改造人），由调整者居住的殖民卫星组成的“”（扎夫特）政权和地球联邦的对立日渐明显，终于双方放弃了所有的外交努力，撕下脸皮开始了军事行动，惨烈的宇宙战争自此爆发。
开战一年后，在中立的资源卫星国家赫立奥波利斯（属于地球中立国家奥布）上发生了一场战斗。
为了夺取“大西洋联邦”秘密研制的新型高性能机动战士“gunda高达，扎夫特军队机动战士部队突袭了地球联合军。这个冒险的军事行动由于策划充分而且行动迅速，打的地球联合军措手不及，抢走5台地球军的新武器——“高达”中的4台，分别是暴风高达，决斗高达，迅雷高达，圣盾高达。
剧情主角基拉大和和好友阿斯兰都是生活在人造卫星上的调整者少年，他们从小住在一起，对未来有着同样的希望和梦想。阿斯兰因为“血色情人节”事件（地球联邦军阴谋炸毁了一座卫星都市，造成大量调整者死亡）中母亲的去世而决定加入扎夫特军队，成为一名机动战士驾驶员。而在这次偷袭行动中，阿斯兰也是其中成员之一。而此时的基拉大和还是一名工业学校的学生，在扎夫特军的突袭中，他被地球联合军上尉玛琉－拉米亚斯（未来的巨/乳舰长）带入未被抢走的强袭高达（strikegunda，而在随后的战斗中，精通编程的基拉在1分钟内就把强袭高达原有的自然人用操作系统修改为调整者用操作系统，击败了扎夫特的吉恩，展现出惊人的战斗天赋。然而扎夫特军队的追击如影随形，为了保护身边的
