诱而堕落，他带着一半的星际战士军团叛变，重创了数个被引入陷阱的兄弟军团，并挥师地球。在残酷的血战后，帝皇和忠实的圣吉列斯（圣血天使军团基因原体）登上了荷鲁斯的座舰。
而最后的战果是，圣吉列斯被混沌诸神诅咒而战死，堕落的帝国战帅荷鲁斯被帝皇的灵能烧成灰烬，但帝皇的身躯也遭受重创。在这之前，他专心致力于链接灵族的亚空间通道，使得人类可以自由穿行于宇宙。但是此刻他已然垂死，现有的科技已经无法使他痊愈，只能将他放进时间静滞力场中，在凝固的时间中，他的伤势不会恶化。而放置他圣躯的黄金王座，则是亚空间通道的中枢所在。
帝皇不朽的精神超过了时间的封印。即使他的肉身依然垂死，但是他灵能的光辉依然通过星炬指引着银河中的导航者，为他们指出穿行亚空间的方向。他的精神依然通过托梦、占卜等方式指引着人类的前进。
在大远征末期，帝国中便悄然兴起了以帝皇为崇拜对象的宗教。在他进入黄金王座后一千年，对帝皇的崇拜成为了唯一将人类统合起来的方法。人类背离了他的教诲，不再以清晰的逻辑和先进的科学指引自己，而是投入了宗教的怀抱。于是国教诞生了，帝皇救世圣殿派成为了唯一官方认可的宗教。（虽然被容许的不同教义解释有许多种，相当实用主义）
帝国现在的统治者是位于地球的上卿议会（或译至高领主会议）。这是掌管千亿世界的最高权力组织，他们代行着帝皇的意志。引领人类帝国的存续。审判庭、星界军、星际战士……数不清的无名战士为了人类的存续而奋斗。牺牲铸就了帝国的基石，每一次灾祸中。这个顽强的种族都挺了过来。但是谁都不知道，在下一次席卷银河的战争中，人类是否能继续存活。
直到人类纪元第四十一个千年的最后，一扇链接异次元宇宙的大门打开。
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“一种灵能隔断疫苗。”坐在运输机上的时候，普罗加斯特审判官这样解释道，“虫巢意志通过‘节
