明末瘟疫一场接一场，崇祯十四年山东、河南、河北、浙江等地瘟疫流行，患者极多。崇祯十六年从山西到京师更爆发大瘟疫，九门日出万棺，阖门皆殁者不计其数。
此时的瘟疫极为可怕，动不动就死亡万人，当时比较严重的有万历八年、万历十四年、还有明末的几年，造成十室九空，惨不忍睹。
而且鼠疫属于急性烈性传染病，还是甲类的急性传染病，致死率极高！
这种甲类传染病可怕到什么程度？后世人们熟知的，谈之色变的炭疽、艾滋、非典、禽流感等等传染病均属于乙类。所以患上甲类传染病几乎用不着谈什么潜伏期，所谓一人有感，全家传患，贵贱长幼，呼病即亡，随着人口流动，还会快速的传到四面八方。
得到疫情报告后，王斗哪敢怠慢？立时回到归化城，召集所有官将议事，并立刻启动预案。
他还飞马传檄宣大总督纪世维、宣府巡抚朱之冯、大同巡抚卫景瑗，山西巡抚蔡懋德，还有各总兵王朴、周遇吉人等，商议防疫诸事。
最后成立一家防疫局，统领安北、宣府、山西等处防疫诸事，王斗亲任总办，以吴有性为帮办，纪世维、卫景瑗、朱之冯、蔡懋德、王朴等人为坐办，后孙传庭也加入进来，为坐办之一。
为防疫治瘟诸事顺利进行，王斗专门调了二千军队为防疫兵，疫区一切官将军民皆听局员医士安排，敢有违抗者，格杀勿论。
同时宣府时报火力全开，宣传防疫治瘟诸事，各种防疫要点。吴有性所书之《温疫论》，以前已经载过一遍，此时又再重载，密集印刷，并在报纸上广泛宣传。
不单是宣传，更重要是行动起来，除大批医士立时进驻应州，防疫局还发动各处民众开展大规模的灭鼠、灭蚤活动，特别家鼠更是必须被消灭的对象。同时清洁街巷，运送垃圾，轰轰烈烈大扫除。
明末因财政崩溃造成很多城市环境脏乱，蝇蚋杂生，污水横流，这是明末各地连连发生大疫的原因之一。
