至于从浙江搜罗来得难民，总参建议在台湾设立中转地。难民先到台湾，在台湾的营地内“囤积”一阶段之后再转运回临高。一部分人可以直接留在台湾，开发台湾的土地，形成第二个殖民地。
当然，台湾的局面要复杂一些，上面多多股势力，包括荷兰人、西班牙人和郑芝龙在上面都有自己的地盘：荷兰人控制大员，郑芝龙占据北港，西班牙人占领鸡笼（基隆）。大体从台北到台南的，沿着朝向大陆的海岸线。台湾的土著、马来移民和日本人在当地也有一点小势力。
不过，这些势力的规模都很小，占据的地盘也不大。荷兰人、西班牙人和郑芝龙，其势力不过是以一二个城堡支撑点为核心，占据周边很小的一块地盘。除了贸易之外就是收取福建移民和土著民的贡赋。后者的比例很小。除了郑芝龙在当地有一点组织移民搞农业开发之外，欧洲人占据这些地方的主要目的还是充当贸易据点和收集当地的土物――主要是台湾的鹿皮。
以穿越众的海陆军实力来说，消灭这些势力易如反掌。根据历史资料：西班牙人在鸡笼的全部守备力量不过90名欧洲人，再加一二百菲律宾征集来得辅助部队。荷兰人在1631～1632年度还在修筑热兰遮城，全部欧洲人驻军不超过400人。其势力范围在城堡外30公里即到了极限。1630年甚至差点被台湾土著目加溜社逼走。到1635年东印度公司大规模增兵之后才开始大规模讨伐周围的原住民村落，扩大统治区域。
因此这些势力在陆地上的威胁性都很小，说不堪一击也不为过。派遣一个步兵营加强少量炮兵就足够横扫全岛。但是在海上状况就要复杂一些。荷兰人现在是贸易伙伴，而且它在东亚的海上实力有限，不会冒着触怒元老院的风险来采取敌对行动，西班牙人在台湾附近海域只能算是“存在”。
唯一的障碍就是郑芝龙。福建沿海是他的主要活动区域，海军的运输船队经过这一地区，甚至就在台湾岛上登陆，修筑中转基地，这事绝对是瞒不住他的，
