境，包括对蒙古，女真，还有西南夷，海疆诸夷，千头万绪的内政，边境军政，各种各样的事情就是靠内阁的几个大学士在主持，然后交办给六部和地方督抚。
在张居正的时代、开始在私邸里办理公务，而且很少走正式的程序，都是由张居正任命的督抚写私信来，张居正以私信回复，这样绕过了内阁的同僚和司礼，少扯皮，多办事，这是张居正的人生信条，不过这样的做事办法也给了人攻击张居正擅权的理由，最少内阁私下被称为宰相，实质上只是皇帝的私人秘书，内阁大学士没有统驭六部的权力，只是在朝廷无数次的扯皮之后，内阁大学士可以兼任尚书，最少在名义上有了管理的权力而已，张居正连这一层关系也绕过去，他的行政效率当然高的可怕，十年间做了无数的事，可在张居正被万历清算之后，不论是张四维还是申时行都是主张还政于主上，就是说把高拱张居正时代内阁抢下来的权力再两手奉还，他们希望恢复天子治事，大学士从旁辅助的模式，而不是高拱和张居正那样的大权独揽。
但万历十五年后皇帝开始与群臣斗气，懈怠政务，早朝已经废弃多年，根本就没有朝会这一说，午朝也被取消，皇帝也根本不召见大臣询问政务，不要说那些小臣，就是很多六部堂官从头到尾没见过皇帝长什么模样的也大有人在，有的大学士从上任到卸任也没有见过皇帝，这在大明简直是骇人听闻的事情，可万历就是干的出来。
奏本也是经常不批，万历对不合心意的事情就是选择用“留中”的方式，也就是皇帝不赞同，也不反对，也不提意见，就搁在那儿，把奏折给“淹”了。
甚至除了几封有名的奏疏外，皇帝对辱骂自己的奏折也几乎不理，照旧“留中”了事。
很多后人说万历在深宫不理政务，大明运作正常，东南还十分繁荣，物价不高，除了三大征外天下太平，说明万历的掌控力高。
其实就是万历就是只做对了一件事：内阁要保持正常运作。
除此之外，皇帝关注的就是军
