经过长达一个月的御前争论，日本上下已经决心不惜对美英荷一战。不过，关于战争的准备却早在半年前就已经开始了，投入南方作战的兵力、物资和军需品等，已陆续向法属印度支那、海南岛、华南、台湾、奄美大岛、帛琉、小笠原等地输送。
根据6月20日御前会议决心对美英荷开战的决定，于24日发布了南方作战部队的战斗序列令。
其战斗序列为：南方军总司令官寺内寿一大将，参谋长冢田攻中将，副总参谋长青木重诚少将，下辖：南方军总司令部、第14军、第15军、第16军、第25军
另外，南方军司令部还直属有第27师团、第21独立混成旅团、南海支队、第4独立混成联队、第3飞行集团、第5飞行集团、第21独立飞行队等。
作为南方作战部队，除此之外，还有隶属于中国派遣军的第23军司令官指挥的第38师团的基干部队，被指定为香港作战部队，还有隶属于参谋总长的船舶输送司令官指挥的大量的船舶部队，其中所需部队分别配备于南方军和南海支队等。
6月27日，又重新将西部军所属的第56师团调属于第25军，使该军成为以4个师团为骨干的部队。第16军为对荷属东印度方面的作战部队。随着对香港和菲律宾作战编制，准备把第38师团及第48师团从第23军和第14军抽出，调属于该军。
6月28日，日军大本营陆军部在下达上述战斗序列令的同时，向南方军下达了大陆命第556号作战准备命令。
该命令共有六条：一、大本营准备攻占南方重要地区。二、南方军总司令官应与海军协同，将主力集结于印度支那、华南、台湾、西南诸岛和南洋群岛等方面，准备攻占南方重要地区。有关进攻作战事宜另行命令。三、南方军总司令官应接替第25军司令官目前担任的加强对华封锁的任务。四、南方军总司令官，如受到美、英、荷军或其中一**队的攻击，为了自卫，可以所在部队进行反击。在发生上述情况时
