子午谷大捷的消息传回京城，整个京城都沸腾了，各级官吏奔走相庆，京城百姓更是张灯结彩，仿佛反贼已经被剿灭了一般。在他们看来，反贼的首领都被抓了，农民军的主力也被全歼了，这不久等于剿贼已经剿的差不多了吗，反贼应该是蹦跶不了几天了。
朱慈炅却不这么想，高迎祥名为反贼首领，其实并不是反贼中的厉害角色，相比于李自成、张献忠甚至是罗汝才那些逃命行家，他更像是个跑龙套的，完全没有什么存在感，在崇祯朝那会儿他也是自己寻死跑进子午谷被孙传庭给逮住了，这次等于是将历史重演了一遍，朱慈炅就感觉自己是在看枯燥的史书一般，没有一点喜悦感，接下来怎么逮住李自成和张献忠这两条滑不溜秋的泥鳅才是重点，至于高迎祥，逮住了就逮住了吧，多他一个不多，少他一个不少。
不过，现在还不是对李自成和张献忠动手的时候，因为他们的‘使命’还没有完成，还没有攻克洛阳和襄阳，还没有干掉宗室里两条最大的蛀虫，所以不但不能马上对他们动手，还要‘保护’他们，阻止孙传庭跑去坏他们的好事。
秦军那可是一群饿狼，李自成和张献忠绝对不是他们的对手，如果让他们扑上去，李自成和张献忠恐怕会被打得屁滚尿流，这几年可就白养了！
怎么才能让秦军老老实实呆在陕西呢？朱慈炅绞尽脑汁，终于想出一个牵强的理由，他直接下旨给孙传庭，大意就是，为防止发生意外，必须立即将高迎祥和发贼的主力押到西安严加看管，待剿灭了其他几路反贼再押解到京城一起处理。另外，这次秦军功勋卓越，特进为一等军团，授日月龙旗，日月同辉，孙传庭也进为正一品提督，以示嘉奖。
孙传庭收到这份圣旨简直哭笑不得，十多万吓破了胆的农民能发生什么意外，缴了他们的武器，再派个几千人看守就足够了，他们还能飞到天上去啊。西安光原来的守军就有三万，看守这些俘虏绰绰有余，秦军完全可以腾出手来去把其他几路反贼一一击破，这样西北之危就算是解了
