好在杜让能虽然屁股决定脑袋，但没有忘记自己还是国家的宰相，考虑到孔纬的才华，杜让能就在僖宗面前大力推举孔纬，于是孔纬进入翰林院，不久之后更是担任知制诰。
知制诰可不是什么人都能当的，历来号称内相。
李晔上位之后,杜让能继续得势，考虑到两人的旧怨，李晔把孔纬贬去三司搞财务，结果二人还是不和，三年前孔纬担任户部主事的时候，有一回去京兆府下辖的蓝田县视察。
结果因为排场过大，被杜让能进了谗言,说他作风奢侈。
李晔也烦了，干脆把孔纬调离户部三司，加中书侍郎调到政事堂出任政事堂秉笔宰相，全称中书省执政事笔，相当于国务院办公厅书记，同时加判度支事，这也是晚唐惯例。
执政宰相都要想办法搞钱，都得带判度支头衔。
如今二人虽然分属不同官署，但历年的积怨并没有消失。
孔纬觉得杜让能结党专权，二弟杜弘徽是户部侍郎兼中书舍人，三弟杜彦林是东川行省参知政事，大儿子是考功郎中，二儿子是膳部郎中，小儿子是长乐报馆主编，家族亲戚还有一大堆当官的，虽然这些人都很清廉能干，但孔纬还是怀疑，猜测杜让能以权谋私。
杜让能则觉得孔纬是存心跟自己作对,是，杜家是很有人做官,王家、裴家、崔家、韦家、何家跟杜家一样，这些你怎么不说？杜氏七代人为国家鞠躬尽瘁，何曾以权谋私？
我经手那么多钱，有没有贪过一个铜板？
杜家官员的确很多，但哪个不是以科举入仕的？
除了旧怨，孔纬和杜让能在执政理念上也有很多分歧，就在税收这一块来说，孔纬是两税法的坚定拥护者，一直强调，朝廷用多少钱就向下摊派多少钱，不一定非要收多少税。
这几年连年用兵，能不能给老百姓一条活路？
但朝中被连年胜利冲昏头脑的少壮鹰派大臣哪里肯干？
另外，孔纬还是重商主义派
